Pour mieux comprendre, faisons un bond en arrière et remontons à 1263. La seconde phase de construction de la Basilique s'acheva à l'occasion du "Chapitre général" qui réunissait les franciscains à Padoue. Saint Bonaventure, alors ministre général de l'Ordre des franciscains, fit transférer la tombe du Saint de la petite église de Sainte-Marie-Mère-de-Dieu vers le centre de la nouvelle Basilique, sous l'actuelle coupole (devant le presbytère).Pour l'événement, on ouvrit pour la première fois le cercueil qui contenait les restes du Saint, essentiellement pour en extraire quelques reliques à offrir à la dévotion des fidèles d'autres églises.
Quelle ne fut pas la surprise de constater que sa langue était demeurée intacte ! C'est alors que saint Bonaventure, le cœur rempli d'admiration, s'exclama :

"O langue bénie, tu as toujours béni le Seigneur et tu as aidé les autres à le bénir ; il apparaît maintenant qu'elle fut grande ta récompense auprès de Dieu."

On décida alors de conserver la langue du Saint, ainsi que le menton, l'avant-bras gauche et quelques reliques de moindre importance. Le reste fut réparti dans trois paquets de soie rouge, dont nous avons déjà parlé, placés dans une petite caisse, elle-même déposée dans une plus grande.
La récente reconnaissance canonique de 1981 donna l'occasion d'effectuer des recherches à caractère historique, technique et artistique, anthropologique et médical sur tout le matériel retrouvé. Le squelette du Saint fut ensuite recomposé sur un coussin dans un cercueil de cristal qui contenait aussi deux petits coffrets renfermant les restes plus menus. L'urne de cristal fut ensuite placée dans un cercueil en rouvre pour enfin être remise dans le tombeau.